Menús interactivos, Acceso directo a escenas
Disco 1
Versión original de la película, Audio comentario del Director Bryan Singer, Versión extendida con 6 escenas inéditas, Comentarios opcionales del director, 17 Detrás de las cámaras
Disco 2
La 2ª modalidad incluye contenidos extra: Dando vida a los X-men (24 min), Factor X: El aspecto de los X-Men (23 min), Producción de X-Men: Convirtiéndose en miembro del grupo (66 min), Efectos especiales de X-Men (17 min), Observaciones de X-Men, Primicia de X-Men 2, Tráiler de X-Men 2, Tráiler de Daredevil, Tráiler del juego X-Men 2: La venganza de Lobezno, Y muchas cosas más…
Disco 3
Comentarios de Bryan Singer, John Ottman y Tom Sigel, Comentarios de Laren Shuler Donner, Ralph Winter, Michael Dougherty, Dan Harrys y David Hayter
Disco 4
Historia de los X-Men, Escenas inéditas, Preproducción, producción y postproducción de la película, Galerías fotográfica, Tráilers
Disco 5
Comentarios de Brett Ratner, Zack Penn, Simon Kinberg, Avi Arad , Lauren Shuler Donner y Ralph Winter, El jet aterriza en DC, La bestia recita Shakespeare, Escenas eliminadas, Finales alternativos, Una mirada a Eragon, Una mirada a los Simpson: La Película
Disco 6
- Brett Ratner´s production diary (50 min)
- X-Men: Evolution Of A Trilogy (55 min)
- 7 Vignettes
- X-Men 3: The Excitement Continue (24 min)
- Anatomy Of A Scene: The Golden Gate Bridge (12 min)
- Pre-viz animatic gallery
- Photo Gallery
- Storyboards
- Concept art gallery
- Trailers
Formato del Disco: Disco Sencillo Doble Capa: La transición puede suponer una mínima pausa