A Bruno le cuesta acostumbrarse a su nueva vida y se aburre cada vez más. No hay niños con los que jugar y su madre le prohíbe explorar los alrededores de la casa. Su hermana mayor, Gretel, no se molesta en hablarle: está demasiado ocupada con sus muñecas o hablando con uno de los hombres de su padre, el atractivo y joven teniente Kotler. A Bruno le intriga la existencia de una especie de extraña granja que ve desde la ventana de su habitación, en la que todos sus habitantes parecen llevar pijamas de rayas. Cuando intenta saber más cosas sobre la ´granja´ le dicen que se olvide de ella y le prohíben acercarse por allí. Nosotros sabemos algo que Bruno no sabe, y es que la ?granja´ es un campo de exterminio.

Tras varias semanas dando vueltas alrededor de la casa, Bruno acaba desafiando a su madre y se cuela fuera de la casa por el jardín trasero en busca de aventuras. Deambula por los bosques y se topa con una alambrada. Al otro lado, un chico pequeño con un pijama de rayas está descargando escombros de una carretilla. Bruno está tan contento de haber encontrado alguien de su edad con quien jugar, que empieza a visitar todos los días a Shmuel, su nuevo amigo, sin decirles nada ni a sus padres ni a su hermana.

En las semanas siguientes, Bruno empieza a estar cada vez más inquieto por lo que ve y lo que escucha en casa y por lo que descubre en su vida secreta junto a la alambrada con Shmuel. Una amistad que marcará el fin de su inocencia infantil y que tendrá unas consecuencias asombrosas y devastadoras..